โรงเรียนเซนต์โธมัสเป็นสถานที่ในฝันสำหรับชาวเคราไลต์วัยเยาว์ที่ตั้งรกรากอยู่ในเมืองอุตสาหกรรมบาฮาดูการห์ทางตอนเหนือของอินเดีย ด้วยข้อจำกัดของการทำงานภายใต้การบริหารและการแบ่งแยกระหว่างการให้โอกาสแก่ผู้มีสิทธิพิเศษมากกว่าผู้สมควรได้รับ มิสเตอร์ เอ็น. โธมัสคุตตี ลูกชายคนโตของครูที่ภูมิใจในอาชีพของตนเอง จึงตัดสินใจเปิดโรงเรียนตามอุดมคติแบบคริสเตียนของเขา แม้ว่าการตัดสินใจที่จะเริ่ม STS ดูเหมือนจะเป็นปฏิกิริยาหุนหันพลันแล่น แต่เมื่อเวลาผ่านไปก็ได้รับการพิสูจน์แล้วว่าเป็นไปตามพระประสงค์ของพระเจ้า
โรงเรียนมีจุดเริ่มต้นอย่างเรียบง่ายเมื่อวันที่ 6 เมษายน พ.ศ. 2538 ที่บ้านของ ศ.ดี.บี. มาลิก.